Yang menarik, pemerintah tidak memaksakan satu model baku dalam pelaksanaannya. Romo Syafii menegaskan bahwa bentuk dapur maupun pola penyajian makanan di pesantren tidak harus mengikuti prototipe yang telah ditetapkan oleh BGN, selama standar sanitasi dan higienitas tetap terpenuhi.

Fleksibilitas itu bahkan menyentuh hal-hal teknis seperti peralatan makan. Pesantren yang selama ini menggunakan omprengan—wadah makan bersusun yang umum di kalangan santri—dipersilakan meneruskan kebiasaan tersebut. Sementara pesantren yang menerapkan sistem prasmanan pun masih dimungkinkan untuk tetap berjalan sesuai tradisi masing-masing.

Penyesuaian serupa juga berlaku pada jadwal pemberian makanan. Di banyak pesantren, santri lazim menjalankan puasa sunnah setiap Senin dan Kamis, sehingga pembagian makan siang pada hari-hari tersebut tidak bisa diterapkan seperti biasa.

Pemerintah menjawab tantangan ini dengan solusi yang cukup sederhana namun tepat sasaran: makanan yang disiapkan pada siang hari tetap dapat dimasak, lalu disajikan kepada santri saat waktu berbuka puasa tiba. Dengan begitu, tidak ada yang terbuang dan kebutuhan gizi santri tetap terpenuhi meskipun mereka tengah berpuasa.